とある魔術の禁書目録

自分の部屋のベランダの手すりに、まるでシーツのように少女がぶら下がっているという非現実的な光景が、上条当麻の目の前に広がった。最先端の科学によって超能力を創造できるこの街――学園都市においてさえ、眼前で「インデックス」と名乗るその少女は、上条当麻を驚愕させた。インデックスは自身に十万三千冊もの魔道書があるために魔法使いから追われていると主張し、上条当麻は自身の能力で少女の魔法を見抜いた。危険を理由に上条の家を去ろうとするインデックスだったが、いつも通り学校へ通う上条が帰宅すると、インデックスが血だまりの中に倒れていた。科学と魔術が交差する世界で、上条当麻とインデックスの物語が始まる。